El fenómeno del vuelco de las aguas del Lago de Tequesquitengo es provocado por el descenso de la temperatura en la estación de invierno; así, al existir una temperatura inferior en la superficie de las aguas del lago, se provoca que las aguas más calientes del fondo suban y desoxigenen el medio, con ello se provoca la mortandad de los peces. Muchas personas ignoran el fenómeno y lo atribuyen a una contaminación indiscriminada por parte de los visitantes.

El olor azufroso se asocia con suciedad; sin embargo, esto beneficia al lago ya que para los meses de febrero, marzo y abril el fenómeno se revierte y las aguas se vuelven claras, esto permite apreciar buena parte de las edificaciones del pueblo hundido, incluyendo la iglesia.